В Трапезных палатах появилась уникальная голографическая выставка ГИМ «Награды Отечества», на которой при помощи лазеров и голограмм экспонировались объёмные и красочные изображения Российских знаков воинской доблести, начиная от «Ордена Андрея Первозванного» и кончая «Орденом Победы». Там же экспонировались выставка американской живописи и выставка церковного искусства времён патриарха Никона. В период Рождественских праздников в музее устраивались утренники для детей из Детского дома и Детского приюта, выставки детского рисунка по соответствующей тематике. Была оживлена научная работа музея. Содержимое архивных фондов послужило темой краеведческой конференции, ежегодно стали проводиться в формате межмузейных конференций Никоновские чтения. Традицией стали Дни Славянской письменности, празднования Масленицы. При этом вся работа музея проводилась в полном содружестве с монастырём, которому музей со своей стороны всегда оказывал необходимую помощь. Особо следует отметить успешно проведенную Надеждой Фёдоровной компьютеризацию музея, который перед тем пережил уже безуспешную попытку в этом направлении. Организация компьютерного класса в музее, покупка и использование обновлённой версии программы учёта фондов, привели к вовлечению в пользование компьютером почти всех научных сотрудников музея. Результатом усилий Надежды Фёдоровны в этом направлении является современное состояние музея, во всех отделах которого имеется и активно используется компьютерная техника. Вместе с тем адекватного понимания и поддержки коллектива, как это было на всех прежних местах её трудовой деятельности, в этом коллективе Надежда Фёдоровна не встретила. В определённой мере она была готова к этому, т.к. получила много предупреждений о морально-психологической специфике коллектива. Ведущие научные сотрудники не столько были озабочены качеством своей профессиональной деятельности, сколько стараниями побольше досадить своему директору. Завершая начатые ранее работы по истории Новодевичьего монастыря и семьи Батюшковых, она изучала историю музея «Новый Иерусалим» и пришла к решению напомнить общественности о жизни и исторической роли руководителей музея, внесших наибольший вклад в авторитет музея в различные периоды его истории и приблизить музей к делу почитания памяти об этих руководителях. К сожалению, музеем это начинание не было поддержано. Уже несколько лет экспозиция музея избавлена от упоминания выдающихся деятелей, трудившихся в нём: Натана Александровича Шнеерсона, Евгении Степановны Радченко, Дмитрия Вербановича Петкова, Василия Фроловича Нижегородова. Думается, что поддержание в порядке могил всех этих людей, не имеющих уже близких родственников, способных это делать, и соответствующая информация о их творчестве, включённая в экскурсионную и лекционную программы музея, возвысили бы престиж музея «Новый Иерусалим». В конце 2000 года у Надежды Фёдоровны было обнаружено тяжёлое и скоротечное осложнение на почве перенесённого в детстве гепатита. Оппозиционная группа научных сотрудников, заметив серьёзное осложнение здоровья Надежды Фёдоровны, значительно активизировала свою «работу», не давая в течение нескольких месяцев своей жертве заняться медицинским обследованием. Последним днём жизни Надежды Фёдоровны стал день 7-го июля 2001 года. Общество краеведов Москвы выступило с инициативой издания мемориального сборника воспоминаний о Надежде Фёдоровне Трутневой и избранных её работ по краеведческой тематике. Сборник издаётся на средства Правительства Москвы и выходит из печати в 2008 г. Формально замысел Надежды Фёдоровны, связанный с включением в повседневную работу музея информации о творчестве и судьбе Н.А. Шнеерсона, Е.С. Радченко, Д.В. Петкова и В.Ф. Нижегородова можно было бы считать воплощённым в действие. На конференции «Памятные страницы социальной истории России, состоявшейся 22 апреля 2008 года в Дедовском филиале Российского Государственного Социального Университета, директор музея «Новый Иерусалим» Н.А. Абакумова высказала намерение музея взять на себя заботу о достойном содержании могил ушедших из жизни выдающихся руководителей музея, а также совместно с филиалом РГСУ разработать материалы для соответствующего пополнения лекционной и экскурсионной программы музея. Сейчас, спустя месяцы после конференции, никаких практических шагов к реализации этого намерения музея не замечено. Будет ли оно реализовано? Время покажет.